Il existe deux cas dans lesquels l'enfant ne bénéficie pas de la présomption de paternité car celle-ci est peu probable.
Premier cas : lorsque l'enfant est conçu pendant une période de séparation judiciaire des époux
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Dans l'instance de divorce par consentement mutuel, l'enfant ne sera pas couvert par la présomption de paternité s'il naît plus de trois cents jours après la convention homologuant le divorce. Dans le cadre du divorce conventionnel, ce délai de trois cents jours commencera à courir à partir de la signature de l'acte notarié de dépôt de la convention sous signatures privées contresignées par avocats.
Dans les autres types de divorce, lorsque l'enfant naît plus de trois cents jours après l'ordonnance sur tentative de conciliation (OSTC), la présomption de paternité est également écartée.
Second cas : la présomption de paternité ne trouvera pas application en cas de séparation de fait si le nom du mari ne figure pas sur l'acte de naissance de l'enfant. La femme qui accouche n'est en effet pas tenue de donner le nom de son mari. Si elle ne le fait pas ou donne un autre nom, la présomption ne joue pas.
Il convient cependant de signaler que, dans ce cas, le mari pourra reconnaître l'enfant
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S'il arrive que la présomption puisse être exclue, elle peut également faire l'objet d'un rétablissement.