– L'autonomie relative de la dérogation « espèces protégées » avec l'autorisation d'urbanisme. – Si la dérogation peut être intégrée à une autorisation environnementale unique, en revanche elle ne peut pas être intégrée dans un dossier de demande d'une autorisation d'urbanisme, tel un permis de construire ou d'aménager. Dans une telle hypothèse, le pétitionnaire devra déposer une demande de dérogation « espèces protégées » spécifique indépendamment de son dossier d'urbanisme.
Et ce malgré les termes de l'article R. 111-26 du Code de l'urbanisme qui sont d'ordre public et qui imposent au permis de construire ou d'aménager ou à la décision de non-opposition à une déclaration préalable de respecter les préoccupations environnementales, et de comporter des mesures prescriptives et notamment des mesures d'évitement, de réduction et de compensation.
Le dossier de demande d'autorisation d'urbanisme doit néanmoins préciser si les travaux font l'objet d'une dérogation au titre des espèces protégées.