– Un arrêté préfectoral. – Cette phase est placée sous le signe du contradictoire avec l'envoi préalable du projet d'autorisation préfectorale au pétitionnaire et la faculté pour celui-ci de présenter ses observations par écrit. Cette formalité est substantielle ; à défaut, l'autorisation environnementale est illégale.
Cette phase dure deux mois à compter de l'envoi par le préfet du rapport et des conclusions du commissaire-enquêteur ; le silence à l'issue de ce délai vaut décision implicite de rejet, de sorte qu'il s'agit de la part du préfet d'un pouvoir discrétionnaire. Celui-ci ne doit toutefois pas se faire juge de l'opportunité du projet ou rechercher s'il répond à un besoin ou à une demande ; il doit s'assurer que les prescriptions permettront d'assurer la prévention des dangers ou inconvénients du projet sur la santé et l'environnement.
L'approbation du projet prendra la forme d'un arrêté préfectoral d'autorisation environnementale qui comporte les prescriptions de nature à réduire l'impact du projet sur l'environnement (mesures ERC), leur suivi, ainsi que le contrôle de l'activité et de sa cessation.