– La mise en œuvre du permis définitif peut être paralysée par la non-obtention d'une autre autorisation ou son absence de caractère définitif. – Les dispositions relatives aux études d'impact, aux installations, ouvrages, travaux ou activités (IOTA), aux installations classées pour la protection de l'environnement (ICPE) ou à l'interdiction de porter atteinte aux espèces protégées et aux habitats naturels imposent la réalisation d'études ou la sollicitation d'autorisations qui ne sont pas instruites par l'autorité compétente en matière d'autorisation d'urbanisme, et sont donc de ce point de vue autonomes de l'autorisation de construire.
Toutefois, l'autorisation d'urbanisme peut être accordée et devenir définitive avant même l'obtention de certaines autorisations délivrées au titre du Code de l'environnement.
Les dispositions du Code de l'urbanisme relatives aux « opérations pour lesquelles la délivrance d'un permis ou la réalisation des travaux est différée dans l'attente de formalités prévues par une autre législation » sont complétées par deux nouveaux articles L. 425-14 et L. 425-15.