La création de ces organes n'est pas spécifiquement prévue par les textes, mais est implicitement autorisée lorsque le traité, dans sa version issue de Lisbonne, évoque les organes et organismes de l'Union
1543386462862et emploie cette expression dans plusieurs dispositions du droit primaire
1543351793433. Il existe deux types d'organes et d'organismes :
- les organes ou organismes auxquels une fonction exécutive a été confiée 1545728779925, comme par exemple l'Agence exécutive pour les consommateurs, la santé et l'alimentation, ou encore l'Agence exécutive « Éducation, audiovisuel et culture ». On parle pour ces organes ou organismes de comitologie. Les comités de comitologie participent au processus décisionnel et dépendent pour leur composition et leur attribution de textes généraux, et notamment du règlement n° 182/2011 du 16 février 2011 ;
- les agences qui disposent d'un pouvoir propre, comme par exemple l'Agence européenne pour l'environnement ou l'Agence européenne de sécurité maritime mise en place après le naufrage du navire l'Erika. Leurs composition et attributions dépendent le l'organe qui les a créées (la Commission ou le Conseil) et des besoins. Leur appellation est variable : agence, bureau (Bureau européen d'appui en matière d'asile), centre (Centre européen de prévention et de contrôle des maladies), office (Office de l'Union européenne pour la propriété intellectuelle)… et leur nombre est important.