En avril 1999, Pierre Fabre, fondateur et actionnaire de la société Pierre Fabre SA, crée une fondation qui est reconnue d'utilité publique par un décret du 6 avril 1999, publié au Journal officiel du 8 avril 1999.
Cette fondation a pour objet d'améliorer l'accès aux médicaments et aux soins dans les pays les moins avancés et les pays en voie de développement.
Son conseil d'administration comprend quatorze membres, dont deux représentants de l'État.
À titre de dotation, la fondation reçoit une somme d'argent ainsi que 5 % du capital social des actions du groupe. En 2008, profitant d'une modification législative, dont il est à l'origine, Pierre Fabre donne à la fondation la majorité du capital social du groupe. La Fondation Pierre Fabre détient à ce moment 65 % du capital social du groupe, Pierre Fabre conservant 28 % du capital et les salariés environ 6 %. À la suite de son décès, intervenu en juillet 2013, et à la faveur d'un testament, la Fondation Pierre Fabre reçoit le solde des titres détenus par son fondateur.
Afin d'éviter toute immixtion dans la gestion de l'entreprise, le schéma retenu a été le suivant :
Dans ce schéma, la fondation vote au sein de l'assemblée générale de la holding Pierre Fabre Participations pour nommer les organes de direction, mais sans s'immiscer dans la direction opérationnelle de la société Pierre Fabre. Elle agit comme un actionnaire passif. Et c'est la holding Pierre Fabre Participations qui va nommer les organes de direction de la société opérationnelle et contrôler la gestion et la direction dans la mesure où elle aura, en tant qu'actionnaire majoritaire, à se prononcer annuellement sur l'approbation des comptes et le quitus à donner aux organes de direction.
Ainsi, il existe une dissociation très claire entre la fondation qui agit en tant qu'actionnaire simple et la holding Pierre Fabre Participations qui agit comme une société opérationnelle sur ses filiales, respectant ainsi le principe de non-immixtion de la fondation dans la gestion de l'entreprise qui figure désormais dans la loi du 23 juillet 1987.